Useful links

****

etiology - gene, cause (POLA1)

pathophysiology - functions that are affected or altered (IFN pathway)

pathology - various changes in tissues (recurrent infections and sterile inflammation in various organs)

****

Exon-Inron sequence viewer

****

Viruses classification

****

Dictionary online
Visual Dictionary


****

3D structures online
Aquaria (About - in Nature Methods)


****

UCSC Genome Browser
 


Promoter - H3K4m3
Transcription factors BS - H3K27Ac
Enchancer - H3K4m1

****

ACSN — global atlas of signaling pathways




"ACSN "

****

Cell lines

 - Сoriell.org




****

Шпаргалка
Гомологи: рука - плавник - крыло - лапа.
Аналоги: крыло насекомого, крыло птицы, крылышко семени сосны.

****
Interferon genes
Into the box with the WNT genes  &  NF-kB  genes  I ought to add the interferon database. I can choose pathway of interest (IFN I, IFN II, IFN III), tissue or time, and upload your list.

1


****

NFkB genes
Link




****

WNT genes
Link,

****

CLIME
CLIME - это новый биоинформатический сервер, который позволяет определить возможные партнеры белков путем анализа схожести эволюционного профиля данного белка с базой остальных белков... Простыми словами,  вы задаете список вероятных белков-партнеров (до 200 генов), а программа смотрит: какие из этих белки присутствуют в одних и тех же организмах, а какие нет. По сумме этих факторов вычисляются вероятные парнеры, при чем в ряде случаев предсказания невероятно точные.

Синие квадратики - присутствие указаных 10 белков в различных организмах. Поскольку в данном примере профили очень похожи, то вероятность их взаимодействия выходит высокой - что и требовалось узнать. Другой, более сложный вариант:

Тут анализ показывает, что только три первых белка из списка (красный маркер) возможно взаимодействуют - их профили довольно похожи, тогда как нижняя часть явно рассинхронизирована. В общем - баловаться можно долго, работает вроде не плохо.

****

Mucosal immunity vs streptococcus:

Про стрептококки и инфекию горла

****

Biolegend posters
 

Большая коллекция постеров:



****

Как рисовать био-мультяшки
Molecular Flipbook toolkit (3d animation software designed for and by molecular biologists) - free and open source

****

MedImmune videos
 Все ссылки:

Respiratory, Inflammation and Autimmunity:
Targeting CD-19
Targeting GM-CSF
Targeting IL-1
Targeting IL-5
Targeting IL-13

Oncology:
Targeting Angiopoietin 2
Targeting IGF Signaling
Targeting CD-22


****

Наша служба и опасна, и трудна
 
Сюда следовало бы еще добавить стукачей и информаторов - клетки эндотелия, фибробласты и эпителиальные клетки.

****

Signaling pathways
Шикарные интерактивные карты клеточных сигнальных путей от R&D - все нажимается и подсвечивается, прям Америка!

Например, вечная дружба инсулина с жиром выглядит упрощенно так:



****

The Human Protein Atlas
Очередное онлайн-хранилище данных по большинству белков человека - локализация, экспрессия в здоровых и больных тканях, и многое другое!
AnnttAll
The Human Protein Atlas

****

Таблица флуорофоров
Хорошая таблица для микроскопистов: BD Fluorescence Spectrum Viewer A Multicolor Tool:
AnnttAll

Для людей, занятых микроскопией, данная таблица будет также полезной:
AnnttAll

****

Статистика для биологов
Короткий синопсис по основным статистическим методам обработки данных для биологов,  с основным лейтмотивом "оспади, как же достали ошибки в статьях" - в недавнем Nature: "Know when your numbers are significant". Статья приятна тем, что  дана таблица с основными определениями - теперь ни одна статья не получит от меня положительной рецензии!!


****

NIH grants
Собрание ссылок от NIH по теме - кому и сколько это агенство давало денег в прошлом. Приятно тем, что можно более-менее представить себе конкуренцию на те или иные гранты:



****

База медицинских картинок
Обнаружил в PubMed сервис Open-I - базу биомедицинских картинок по теме запроса.
AnnttAll2

****

Bарианты сплайсинга пре-мРНК
База где можно посмотреть варианты сплайсинга пре-мРНК для любого гена - ensembl:
AnnttAll

****

Hugo Gene Nomenclature Committee
Hugo Gene Nomenclature Committee - официальный сайт с официальными названиями генов. Что-то вроде ВАКа.



****

Обалденная анатомическая база - с простыми иллюстрациями
Обалденная анатомическая база - с простыми иллюстрациями плюс аннотация -
NIDDK Image library

****

Blood cells determinatnts
Интерактивая карта клеток крови с основными детерминантами - удобно и красиво:

AnnttAll1 

Пример (клетка эндотелия, или выстилка кровеносных сосудов):

AnnttAll

Для не специалистов - все эти типы клеток плавают в нашей крови и выполняют множество функций - от питания до иммунитета.


****

Картинки от snapshots
Очередная база картинок по молекулярной биологии:



****

База соматических мутаций Cosmic
Попалась на глаза база данных Cosmic, созданная Welcome Trust Sanger Institute, что на Британщине.


 


Принцип прост - в окне поиска вводите имя интересующего вас гена, и получаете список мутаций в нем, зарегестрированных в различных опухолях.

При этом стоит помнить, что сам по себе факт мутации может быть не связан с канцерогенностью,  а быть совпадением, поэтому результаты могут служить лишь исходной  точкой для дальнейших анализов (например, используя ресурс Oncomine.org).

Вообще стоит сказать, что  Welcome Trust Sanger Institute такие выдумщики - вот полный список веб-ресурсов, которые они создали. Буду публиковать короткие описания их по мере знакомства.

****

The Burden of Digestive Diseases in the United States
Нашел случайно в интернете какую-то огромную книгу - "The Burden of Digestive Diseases in the United States" (что-то типа "Бремя  желудочно-кишечных заболеваний в США", перевел как смог).

Книга NIH-овская, поэтому нанее ссылаться можно вполне официально. А в ней - тысячи миллионов цифр про то, сколько каждое ЖКТ заболевание наносит вреда в долларах, человеко-часов и вообще. Вроде вот вещь не нужная, а во вступлениях к любой статье или гранту указать это надо. И начинаешь каждый раз метаться по интернету. А тут - все аккуратно собрано. Рекомендую.

****

Пользователям Vector NTI
Провел тут поиск, есть ли какие программы для молекулярной биологии, аналогичные дорогому инвитрогеновскому Vector NTI. Оказывается есть, и много. Более того, многие из них дают за так бесплатную версию, с ограниченными возможностями. А некоторые - бесплатны вообще.

Я пока их закачиваю, и по мере тестирования буду оглашать свой приговор. А пока оглашаю весь список: ApE - A plasmid editor - бесплатный. Geneious - ограниченный плеер бесплатный, полная версия - в районе 600-700 долларов на брата. Плюс - читает вектор-NTI файлы. Ограниченный я попробовал - для работы не возможен - отключены рестриктазы и еще что-то. SnapGene - Viewer бесплатный, полная версия тоже не больше 1000 долл. Пока не  пробовал. BioEdit - бесплатный. Но только для виндовса - остальные программы как правило идут и на винду, и на мак, и на линукс. Serial Cloner - то, что я собираюсь попробовать. Французский бесплатный софт, поэтому оформление прекрасное. Как будет работать - протестирую и скажу. Кто знает больше о перечисленных программах или может подсказать что-то другое - милости просим высказываться в комментариях. Ugene.unipro

****

Эволюция рогов
Вот например, есть у вас по  работе белок рогов - кератин например - а вам очень хочется посмотреть, откуда он появился, и кто его прародитель. Например, в бактериях. Что делать?



Для это  используйте паралельно два милых сайта - оба хороши, один американский, другой европейский:

BLink - интегрирован в PubMed. Находите ген или белок в базе, и справа в меню выбирайте BLink. Потом играйтесь с настройками - хотите бактерии, археи, зверушки вообще или вирусы - переключаете и получаете список. например, кератин человека довольно близок к Laminin subunit beta-2 [Halomonas boliviensis LC1].

Вторая база - моя любимая - PSI-BLAST. Берем тот же кератин, выбираем базу (давайте тех же бактерий), жамкаем на "Пуск" . Вылазит снова Laminin subunit beta-2 OS=Halomonas boliviensis LC1

Вот откуда наши рога берутся!

****

International Knockout Mouse Consortium
А тем временем проект по созданию единой базы мышей с нокаутированным каждым геном набирает обороты: International Knockout Mouse Consortium рапортует о создании более тысячи линий мышей и десятков тысяч нокаутированных клеток, из которых в скором будущем создадут новые линии мышей.


 

Кстати, создать библиотеку мышей с полным собранием выключенных генов (по одному на мышь) - не такая уж и фантастика - подобная библиотека одиночных нокаутов давно существует для дрожжей.

Кстати, о том, как создаются мыши с выключенными определеными генами, мы писали тут.

****

Каталог биологических инструментов
В помощь умельцу существует каталог, где по принципам электроники упорядочены различные запчасти молекулярных машин - Partsregistry.org.



На вид ресурс очень полезный, но за год я так и не придумал, как его использовать. 

****

Oncomine
База, обьединяющая все исследования по экспрессии генов в различных типах опухолей. Удобна,когда надо по быстрому посмотреть онкогенность интересуемого  гена или составить аннотацию к гранту - Oncomine.org


****

A Transcriptome Atlas Database for Mouse Embryo
Кому надо - есть сайт Eurexpress с полной базой экспресси белков в мышиных эмбрионах. 18000 генов и 400 миРНК прокрашены на целом эмбрионе и оцифрованы в высоком качестве. В общем, хорошее подспорье для молекулярщика:



Eurexpress.org

Аналогичная база - Genepaint

****

Variants and mutations
Чтоб два раза не вставать - еще есть база хорошая, но уже значительно более дополненная - ESP. Но там кажется только по гену выдает весь список SNP-мутаций. Зато частота и другие интересности указаны.



****

Diseases and mutations
Наконец нашел удобную интернет-базу данных, где в виде простого списка представлены болезни и гены, нарушения в которых ассоциированы с ними. База называется Correla gen - кому надо, пользуйтесь.




Например, иммунологические синдромы - линк. Можно выбирать по болезни, можно и по гену.
База далеко не полная, но обещают ее развивать.



****

MOPED
В поисках адекватной базы по экспрессии белков в разных тканях наткнулся на базу с чудным для русского уха названием "мопед": MOPED - Model Organism Protein Expression Database. Ресурс прост и полезен - в полях сверху забиваете нужные вам параметры, и внизу выпадают десятки страниц с белками, которые экспрессируются (плюс показатель, сколько и  где):
В общем, кто в теме, тот поймет достоинства Мопеда!

****

Primer Bank
 Подобрать праймеры для RT-PCR всегда напряжно - любой кто этим занимался знает, что никакие программы не дадут 100% гарантии того, что праймеры будут работать так, как ожидается. 


Скрин сайта

Если кто не знает - есть такой сайт как Primer Bank - интернет-база проверенных праймеров. Вбивай ген - получай список праймеров,которые почти гарантировано будут работать. В базе 306,800  праймеров на текущий момент. Проект от этих институтов:



Для неопытных акцентирую - праймеры не для клонирования гена целиком, а для амплификации его малой части - т.е. только для RT-PCR и qRT-PCR методов.

****

Mitochondria
Я уже рассказывал о том. как сложно найти путную иллюстрацию дыхательного комплекса митохондрия - где-то по ссылке должна быть единственная хорошая статья.
В продолжение этому даю всем желающим уникально понятную и красивую схему всего дыхательного ланцюга комплекса:

Картинка найдена на сайте какой-то американской лабы, но вот вспомнить - где, не могу. И даже TinEye помочь не может.


Митохондриальная дыхательная цепь . Большая версия  

Кстати, если кто не знает - есть интернет-поисковик для картинок, простой как все гениальное - TinEye. В строку поиска копируете ссылку на рисунок или загружаете рисунок с компа - и все, через секунду выдается результат. Для поиска авторства рисунков - незаменимая вещь!

****

LocARNA
Чудную он-лайн программу обнаружил - она позволяет сравнивать разные РНК, но не только по сиквенсу, но и по вторичной структуре. Насколько полученные данные достоверны - говорить сложно, но простота проведения анализа подкупает: загружаешь в виде FASTA все последовательности, и на выходе получаешь структуры, которые идеальны как минимум для презентаций:



Сравнение участка РНК-структуры белка NFKBIA человека и шимпанзе

****

Инструменты биоанализа от Рrogenes
Genevestigator (регистрация нужна, но бесплатная).
MultiExperiment Viewer
DNASTAR. Программа для анализа нуклеотидных и аминокислотных последовательностей.
3. Если надо красивую картинку филогенетического родства, то использую MEGA.
MultiExperiment Viewer
Его же использую и для визуализации результатов large scale qRT-PCR. Для qRT-PCR SDS Applied biosystems. Для анализа PCR efficiency использую LinRegPCR. Интерфейс вовсе не интуитивный, но если разобраться, то это довольно удобная программа. Для поиска референтных генов для нормализации использую geNORM.
Genevestigator - сегодня без него, как без рук. Все экспрессионные анализы в одном месте. Если в работе появляется ген Х, то начинаю оттуда смотреть, где он работает.


****

Back to Start Page                  Work                   Projects                   Photos                  About me