Dictionary online
Visual Dictionary
****
3D structures online
Aquaria (About - in Nature Methods)
****
UCSC Genome Browser
Promoter - H3K4m3
Transcription factors BS - H3K27Ac
****
ACSN —
"ACSN "
****
Cell lines
Useful links
****
Університет Кюсю (Японія) виклав у вільний доступ більше 1500 3D моделей різноманітних тварин, комах та рослин: https://sketchfab.com/ffishAsia-and-floraZia/models
****
Biosimilar and biobetter 2020 - https://www.biopharma.com/biosimilars/
****
In a recent study in Science, researchers with the #HumanCellAtlas consortium present the #TabulaSapiens dataset, a particularly broad cell atlas that provides a molecular definition of more than 400 cell types across 24 organs. Learn more: https://fcld.ly/9oala6q
****
All about numbers inside of the cell
https://bionumbers.hms.harvard.edu/
****
| 6 ISGs discovery |
****
Th1 cells, which produce interferon (IFN)-gamma, interleukin (IL)-2 and tumor necrosis factor (TNF)-beta, evoke cell-mediated immunity and phagocyte-dependent inflammation. Th2 cells, which produce IL-4, IL-5, IL-6, IL-9, IL-10, and IL-13, evoke strong antibody responses (including those of the IgE class) and eosinophil accumulation, but inhibit several functions of phagocytic cells (phagocyte-independent inflammation). Both environmental and genetic factors act in concert to determine the Th1 or Th2 polarization. Further, Th1-dominated responses are involved in the pathogenesis of organ-specific autoimmune disorders, Crohn's disease, sarcoidosis, acute kidney allograft rejection, and some unexplained recurrent abortions. In contrast, allergen-specific Th2 responses are responsible for atopic disorders in genetically susceptible individuals. Further, Th2-dominated responses play a pathogenic role in both progressive systemic sclerosis and cryptogenic fibrosing alveolitis, and favor a more rapid evolution of HIV infection towards the full-blown disease.
****
etiology - gene, cause (POLA1)
pathophysiology - functions that are affected or altered (IFN pathway)
pathology - various changes in tissues (recurrent infections and sterile inflammation in various organs)
****
****
****
Dictionary online
Visual Dictionary
****
3D structures online
Aquaria (About - in Nature Methods)
****
UCSC Genome Browser
Promoter - H3K4m3
Transcription factors BS - H3K27Ac
****
ACSN —
"ACSN "
****
Cell lines
- Сoriell.org
****
Шпаргалка
Гомологи: рука - плавник - крыло - лапа.
Аналоги: крыло насекомого, крыло птицы, крылышко семени сосны.
****
Interferon genes
Into the box with the WNT genes &
****
p53 genes
https://www.addgene.org/cancer/p53-pathway/
****
NFkB genes
Link,
****
WNT genes
Link,
****
CLIME
CLIME - это новый биоинформатический сервер, который позволяет определить возможные партнеры белков путем анализа схожести эволюционного профиля данного белка с базой остальных белков... Простыми словами, вы задаете список вероятных белков-партнеров (до 200 генов), а программа смотрит: какие из этих белки присутствуют в одних и тех же организмах, а какие нет. По сумме этих факторов вычисляются вероятные парнеры, при чем в ряде случаев предсказания невероятно точные.
Синие квадратики - присутствие указаных 10 белков в различных организмах. Поскольку в данном примере профили очень похожи, то вероятность их взаимодействия выходит высокой - что и требовалось узнать. Другой, более сложный вариант:
Тут анализ показывает, что только три первых белка из списка (красный маркер) возможно взаимодействуют - их профили довольно похожи, тогда как нижняя часть явно рассинхронизирована. В общем - баловаться можно долго, работает вроде не плохо.
****
Mucosal immunity vs streptococcus:
Про стрептококки и инфекию горла
****
Biolegend posters
Большая коллекция постеров:
****
Как рисовать био-мультяшки
Molecular Flipbook toolkit (3d animation software designed for and by molecular biologists) - free and open source
****
MedImmune videos
Все ссылки:
****
Signaling pathways
Шикарные интерактивные карты клеточных сигнальных путей от R&D - все нажимается и подсвечивается, прям Америка!
Например, вечная дружба инсулина с жиром выглядит упрощенно так:
****
The Human Protein Atlas
Очередное онлайн-хранилище данных по большинству белков человека - локализация, экспрессия в здоровых и больных тканях, и многое другое!
The Human Protein Atlas
****
Таблица флуорофоров
Хорошая таблица для микроскопистов: BD Fluorescence Spectrum Viewer A Multicolor Tool:
Для людей, занятых микроскопией, данная таблица будет также полезной:
****
Статистика для биологов
Короткий синопсис по основным статистическим методам обработки данных для биологов, с основным лейтмотивом "оспади, как же достали ошибки в статьях" - в недавнем Nature: "Know when your numbers are significant". Статья приятна тем, что дана таблица с основными определениями - теперь ни одна статья не получит от меня положительной рецензии!!
****
NIH grants
Собрание ссылок от NIH по теме - кому и сколько это агенство давало денег в прошлом. Приятно тем, что можно более-менее представить себе конкуренцию на те или иные гранты:
****
База медицинских картинок
Обнаружил в PubMed сервис Open-I - базу биомедицинских картинок по теме запроса.
****
Bарианты сплайсинга пре-мРНК
База где можно посмотреть варианты сплайсинга пре-мРНК для любого гена - ensembl:
****
Hugo Gene Nomenclature Committee
Hugo Gene Nomenclature Committee - официальный сайт с официальными названиями генов. Что-то вроде ВАКа.
****
Обалденная анатомическая база - с простыми иллюстрациями
Обалденная анатомическая база - с простыми иллюстрациями плюс аннотация -
NIDDK Image library
****
Blood cells determinatnts
Интерактивая карта клеток крови с основными детерминантами - удобно и красиво:
Пример (клетка эндотелия, или выстилка кровеносных сосудов):
Для не специалистов - все эти типы клеток плавают в нашей крови и выполняют множество функций - от питания до иммунитета.
****
Картинки от snapshots
Очередная база картинок по молекулярной биологии:
****
База соматических мутаций Cosmic
Попалась на глаза база данных Cosmic, созданная Welcome Trust Sanger Institute, что на Британщине.
Принцип прост - в окне поиска вводите имя интересующего вас гена, и получаете список мутаций в нем, зарегестрированных в различных опухолях.
При этом стоит помнить, что сам по себе факт мутации может быть не связан с канцерогенностью, а быть совпадением, поэтому результаты могут служить лишь исходной точкой для дальнейших анализов (например, используя ресурс Oncomine.org).
Вообще стоит сказать, что Welcome Trust Sanger Institute такие выдумщики - вот полный список веб-ресурсов, которые они создали. Буду публиковать короткие описания их по мере знакомства.
****
The Burden of Digestive Diseases in the United States
Нашел случайно в интернете какую-то огромную книгу - "The Burden of Digestive Diseases in the United States" (что-то типа "Бремя желудочно-кишечных заболеваний в США", перевел как смог).
Книга NIH-овская, поэтому нанее ссылаться можно вполне официально. А в ней - тысячи миллионов цифр про то, сколько каждое ЖКТ заболевание наносит вреда в долларах, человеко-часов и вообще. Вроде вот вещь не нужная, а во вступлениях к любой статье или гранту указать это надо. И начинаешь каждый раз метаться по интернету. А тут - все аккуратно собрано. Рекомендую.
****
Пользователям Vector NTI
Провел тут поиск, есть ли какие программы для молекулярной биологии, аналогичные дорогому инвитрогеновскому Vector NTI. Оказывается есть, и много. Более того, многие из них дают за так бесплатную версию, с ограниченными возможностями. А некоторые - бесплатны вообще.
Я пока их закачиваю, и по мере тестирования буду оглашать свой приговор. А пока оглашаю весь список: ApE - A plasmid editor - бесплатный. Geneious - ограниченный плеер бесплатный, полная версия - в районе 600-700 долларов на брата. Плюс - читает вектор-NTI файлы. Ограниченный я попробовал - для работы не возможен - отключены рестриктазы и еще что-то. SnapGene - Viewer бесплатный, полная версия тоже не больше 1000 долл. Пока не пробовал. BioEdit - бесплатный. Но только для виндовса - остальные программы как правило идут и на винду, и на мак, и на линукс. Serial Cloner - то, что я собираюсь попробовать. Французский бесплатный софт, поэтому оформление прекрасное. Как будет работать - протестирую и скажу. Кто знает больше о перечисленных программах или может подсказать что-то другое - милости просим высказываться в комментариях. Ugene.unipro
****
Эволюция рогов
Вот например, есть у вас по работе белок рогов - кератин например - а вам очень хочется посмотреть, откуда он появился, и кто его прародитель. Например, в бактериях. Что делать?
Для это используйте паралельно два милых сайта - оба хороши, один американский, другой европейский:
BLink - интегрирован в PubMed. Находите ген или белок в базе, и справа в меню выбирайте BLink. Потом играйтесь с настройками - хотите бактерии, археи, зверушки вообще или вирусы - переключаете и получаете список. например, кератин человека довольно близок к Laminin subunit beta-2 [Halomonas boliviensis LC1].
Вторая база - моя любимая - PSI-BLAST. Берем тот же кератин, выбираем базу (давайте тех же бактерий), жамкаем на "Пуск" . Вылазит снова Laminin subunit beta-2 OS=Halomonas boliviensis LC1.
Вот откуда наши рога берутся!
****
International Knockout Mouse Consortium
А тем временем проект по созданию единой базы мышей с нокаутированным каждым геном набирает обороты: International Knockout Mouse Consortium рапортует о создании более тысячи линий мышей и десятков тысяч нокаутированных клеток, из которых в скором будущем создадут новые линии мышей.
Кстати, создать библиотеку мышей с полным собранием выключенных генов (по одному на мышь) - не такая уж и фантастика - подобная библиотека одиночных нокаутов давно существует для дрожжей.
Кстати, о том, как создаются мыши с выключенными определеными генами, мы писали тут.
****
Каталог биологических инструментов
В помощь умельцу существует каталог, где по принципам электроники упорядочены различные запчасти молекулярных машин - Partsregistry.org.
На вид ресурс очень полезный, но за год я так и не придумал, как его использовать.
****
Oncomine
База, обьединяющая все исследования по экспрессии генов в различных типах опухолей. Удобна,когда надо по быстрому посмотреть онкогенность интересуемого гена или составить аннотацию к гранту - Oncomine.org
****
A Transcriptome Atlas Database for Mouse Embryo
Кому надо - есть сайт Eurexpress с полной базой экспресси белков в мышиных эмбрионах. 18000 генов и 400 миРНК прокрашены на целом эмбрионе и оцифрованы в высоком качестве. В общем, хорошее подспорье для молекулярщика:
Eurexpress.org
Аналогичная база - Genepaint
****
Variants and mutations
Чтоб два раза не вставать - еще есть база хорошая, но уже значительно более дополненная - ESP. Но там кажется только по гену выдает весь список SNP-мутаций. Зато частота и другие интересности указаны.
****
Diseases and mutations
Наконец нашел удобную интернет-базу данных, где в виде простого списка представлены болезни и гены, нарушения в которых ассоциированы с ними. База называется Correlagen - кому надо, пользуйтесь.
Например, иммунологические синдромы - линк. Можно выбирать по болезни, можно и по гену.
База далеко не полная, но обещают ее развивать.
****
MOPED
В поисках адекватной базы по экспрессии белков в разных тканях наткнулся на базу с чудным для русского уха названием "мопед": MOPED - Model Organism Protein Expression Database. Ресурс прост и полезен - в полях сверху забиваете нужные вам параметры, и внизу выпадают десятки страниц с белками, которые экспрессируются (плюс показатель, сколько и где):
В общем, кто в теме, тот поймет достоинства Мопеда!
****
Primer Bank
Подобрать праймеры для RT-PCR всегда напряжно - любой кто этим занимался знает, что никакие программы не дадут 100% гарантии того, что праймеры будут работать так, как ожидается.
Скрин сайта
Если кто не знает - есть такой сайт как Primer Bank - интернет-база проверенных праймеров. Вбивай ген - получай список праймеров,которые почти гарантировано будут работать. В базе 306,800 праймеров на текущий момент. Проект от этих институтов:
Для неопытных акцентирую - праймеры не для клонирования гена целиком, а для амплификации его малой части - т.е. только для RT-PCR и qRT-PCR методов.
****
Mitochondria
Митохондриальная дыхательная цепь . Большая версия
****
LocARNA
Чудную он-лайн программу обнаружил - она позволяет сравнивать разные РНК, но не только по сиквенсу, но и по вторичной структуре. Насколько полученные данные достоверны - говорить сложно, но простота проведения анализа подкупает: загружаешь в виде FASTA все последовательности, и на выходе получаешь структуры, которые идеальны как минимум для презентаций:
Сравнение участка РНК-структуры белка NFKBIA человека и шимпанзе
Back to Start Page Work Projects Photos About me
